Cómo extraer los Unaligned lee en un BAM

archivos BAM son formatos binarios de los lectores del secuenciador. Almacenan datos de nucleótidos científicos en un formato comprimido, mezclando ambos alineados y no alineados lee juntos. Se controlan con la función "bam2fastq", un comando equipo que viene instalado con muchos programas de nucleótidos de secuenciación (también se puede obtener de forma gratuita.) Para extraer los no alineados lee de un archivo de BAM, entonces, todo lo que necesita es el de Windows línea de comando.

Instrucciones

1 Tipo "bam2fastq" en la barra de búsqueda del menú Inicio para asegurarse de que tiene la herramienta (no es necesario para abrirlo.) Si no lo hace, obtener de forma gratuita en Recursos.

2 Escriba "cmd.exe" en la barra de búsqueda del menú Inicio. Haga clic en "cmd.exe" cuando aparece más arriba. Esto abre la línea de comandos de Windows.

3 Tipo "bam2fastq --unaligned FILELOCATION.bam" (sin comillas) en la ventana de comandos.

4 Reemplazar "filelocation" con la ubicación del archivo de BAM. Utilice el formato C: \ Carpeta1 \ Carpeta2 \ File.bam ".

5 Haga clic en "Enter". Esto abrirá una ventana de texto con los no alineados lecturas desde este fichero BAM en particular.