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¿Qué es el formato TPB?

¿Qué es el formato TPB?


Los científicos modernos se basan cada vez más en software de simulación en sus investigaciones. software de simulación permite poner a prueba hipótesis rápidamente antes de pasar a los ensayos químicos reales, que son más tiempo y es caro. Uno de estos programas de simulación, GROMACS, utiliza el formato TPB.

El programa

GROMACS es un programa de simulación de la dinámica molecular. Fue desarrollado por la Universidad de Groningen y, de acuerdo con la lógica de Pareto, se ejecuta cálculos virales para sumas de partículas, la optimización de la lista de vecinos y representaciones triclínicos de permutaciones posibles de tipos de cajas periódicas.

El archivo

Un archivo con la extensión .TPB indica un archivo de entrada de marcha binario. La referencia en línea GROMACS explica que este archivo contiene la estructura de partida de la simulación, así como la topología molecular y todos los datos de simulación.

consideraciones

Debido a que un archivo de TPB está en formato binario, usted no será capaz de leer con los programas de edición habituales. Se requiere que el gmxdump programa, que se incluye en la suite GROMACS. Para leer un archivo de TPB, el tipo "% gmxdump -s topol.tpb" (sin comillas) en GROMACS. La información se desplazará rápidamente, sin embargo. Si le resulta demasiado difícil de leer, la referencia en línea GROMACS sugiere escribir "% gmxdump -s topol.tpb | más" (sin comillas) en su lugar.


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