Cómo alinear FASTA a una referencia

Maq - o Mapeo y Asamblea con Cualidades - es un programa de software utilizado en máquinas de secuenciación de próxima generación, específicamente el Illumina Solexa-1G Genetic Analyzer. El software utiliza corta lee para generar los conjuntos de mapas. Maq utiliza el formato FASTA para convertir lecturas de binario a la información legible por humanos. El comando mapa se utiliza para alinear lee o FASTAs a una secuencia de referencia.

Instrucciones

1 Maq abierta, y el tipo "maq fasta2bfa in.ref.fasta out.ref.bfa." Cambio ref.fasta al nombre de su archivo FASTA. Esto convertirá el archivo FASTA a un formato de archivo binario o una Maq FASTA binario.

2 Coincidir con un único archivo binario FASTA en un archivo de lectura. Introduzca el siguiente comando: maq partido out.map reads.bfq ref.bfa. Este comando igualar y alinear el FASTA lee los archivos a la referencia. Esta línea de comandos alineará los archivos con hasta tres desajustes.

3 Alinear múltiples FASTA leer archivos a archivo binario de referencia en una FASTA. Escriba este comando en Maq: ". Maq partido out.map ref.bfa reads1.bfq reads2.bfq" Reemplazar reads1.bfq y reads2.bfq con los nombres de los archivos de .bfq. Estos archivos de lectura debe contener el mismo número de lecturas, y el título de la secuencia de orden n en los primeros archivos de lectura debe ser el mismo.

4 Ver el mapa de sus alineaciones, introduciendo la siguiente secuencia en Ma: "maq out.aln.map" después de escribir "maq MapView out.map" Esto abre las alineaciones de los archivos FASTA para los usuarios ver e inspeccionar. Recuerde el nombre Maq da el archivo de mapa.

5 Utilice el comando mapmerge combinar múltiples mapas y alinear los lotes de FASTA lee lee archivos. Entrada "maq mapmerge out.map in1.map in2.map in3.map", reemplazando la 1.map, 2.map amd 3.map archivos con los archivos .map.

6 cambiar manualmente el conjunto de alineación de mapeo. Tipo "maq ensamblan out.cns in.map ref.bfa." Los errores y secuencias de consenso serán colocados en el archivo out.cns. Abrir los .cns en maq, y ajustar todos los archivos de referencia FASTA para alinearse con los archivos de lectura.

Consejos y advertencias

• El software Maq funciona en su estado óptimo si las lecturas en un archivo se limitan a alrededor de dos millones. Para los archivos de lectura de mayor tamaño, por lotes, junto con dos millones lee en cada lote, y el uso de un mapa de combinación para alinear todos los archivos FASTA.
• Procesamiento de más de 100 millones se lee en un mapa o un mapa de mezcla puede hacer que el sistema operativo a un mal funcionamiento - que resulta en errores y desajustes.